Ny DNA-baserad metodik för analys av hudflora

Det har länge varit känt att den mänskliga kroppen koloniseras av ett diversifierat mikrobiom bestående av bakterier, arkéer och svampar. Därtill är det väldokumenterat att obalans mellan naturligt förekommande mikroorganismer orsakad av bland annat antibiotikabehandling har en avgörande betydelse vid flera hudsjukdomar.

För att kunna studera mikrobiomets sammansättning och förändring finns det ett behov av känsliga och robusta analysmetoder. Användandet av kvantitativ PCR (qPCR) och storskalig sekvensering (NGS) har under de senaste tio åren revolutionerat vår förståelse av hudflorans sammansättning och artrikedom. Forskningen om bibehållandet av ett välfungerande mikrobiom på vår hud vid användning av hudvårdsprodukter är ett relativt outforskat område. Det finns flera deskriptiva studier baserade på qPCR och NGS av kroppens mikrobiom, men eftersom mikrobiomets sammansättning och artrikedom varierar påtagligt mellan olika hudytor så är det inte möjligt att dra generella slutsatser om mikrobiomets påverkan av en viss produkt eller ämne.

Trots att huden innehåller ett stort antal mikroorganismer gör närvaron av ett överskott av humant DNA det svårt att applicera DNA-baserad metodik, detta gäller särskilt NGS. Vissa DNA-baserade metoder är också känsliga för närvaro av störande ämnen i proverna, t.ex. från hudvårdsprodukter som applicerats på huden. Dessa utmaningar gör att ett optimeringsarbete är nödvändigt för att få välfungerande och robusta metoder. Standardiserade metoder för ändamålet saknas ofta.