Hoppa till huvudinnehåll
RISE logo

DNA-sekvensering av mikroorganismer och mikroflora

Med hjälp av DNA-sekvensering och bioinformatik går det att med hög precision identifiera och karakterisera mikroorganismer och mikroflora i produkter, processer och i miljön. Vi hjälper till med alla steg i ditt sekvenseringsprojekt från design av experiment till att översätta komplexa sekvenseringsdata till beslutsunderlag.

Syfte

Sekvenseringstekniken används till exempel för att identifiera källan till en mikrobiologisk kontamination i en produktionsanläggning, eller till att karakterisera förekomsten av resistensgener hos en isolerad bakterie. Utöver analys av sjukdomsframkallande och produktförstörande mikroorganismer arbetar vi även med önskvärda mikroorganismer i produkter och industriella processer. Vi kan till exempel följa den mikrobiologiska florans utveckling och kvalitetspåverkan under en fermentationsprocess samt under lagring av produkten.

Vi på RISE utför sekvenseringsuppdrag för projekt med virus, bakterier, jäst och mögel, samt för att bestämma antimikrobiell resistens. Vi har spetskompetens rörande provtagning och extraktion av DNA från mikroorganismer i komplexa prover, samt stor förståelse för våra kunders behov och möjligheter. Vår praktiska och teoretiska kunskap har byggts upp genom egen forskning och nära samarbete med industrin i tillämpade forsknings- och uppdragsprojekt.

Vi kan hjälpa till med hela eller delar av ditt sekvenseringsprojekt, inklusive detta:

  • Provtagningsplan och val av sekvenseringsteknik för att optimera förutsättningarna att kunna lösa kundens frågeställning.
  • Provtagning av mikroorganismer i komplexa miljöer och produkter.
  • Provberedning och extraktion av DNA i laboratorier klassade enligt Bio Safety Level 2 (BSL2).
  • Helgenomsekvensering av bakterieisolat för identifiering, smittspårning eller karakterisering av resistensgener mot antibiotika, virulensmarkörer etc.
  • Amplikonsekvensering av 16S rDNA och/eller ”internal transcribed spacer” (ITS) för karakterisering av mikroflorans sammansättning. Valet av amplikon anpassas till projektens målsättning.
  • Metagenomik för karakterisering av okända mikroorganismer och mikroflorans sammansättning.
  • Bioinformatisk analys och jämförande genomik för produktutveckling, kvalitetskontroll, benchmarking, smittspårning etc.
  • Jämförande av liknande stammar, variansanalys inklusive SNP-analys, MLST och cgMLST etc.
  • Tolkning av data och rådgivning runt beslutsfattande baserat på framtagna sekvensdata

Metod

Vi använder moderna sekvenseringsteknologier som bygger på en teknologi som kallas next-generation sequencing (NGS) eller massiv parallell sekvensering (MPS). Efter uppdragsgivarnas behov applicerar, utvecklar och anpassar vi mikrobiologiska metoder från provtagning och extraktion av DNA via sekvensering och databehandling till meningsfulla resultat.

Projektöversikt DNA-sekvensering

  1. Prov från produkt/process/miljö
    Ett representativt prov tas från det som ska undersökas. Vi hanterar rutinmässigt prov från bland annat livsmedel, processer, vatten, miljö, rena kulturer. Befintligt mikrobiellt DNA extraheras, renas och koncentreras.
  2. Sekvensering
    Extraherat DNA fragmenteras, prepareras och placeras i ett sekvenseringsinstrument som läser av DNA-sekvensen, dvs. sekvenseras. Genom att DNA-fragmenten avläses många gånger kan till slut hela genomet kartläggas.
  3. Bioinformatik
    Med hjälp av kraftfulla datorer och bioinformatiska program kontrolleras och filtreras därefter den omfattande mängden data som genereras vid sekvenseringen. Vanligen återskapas sedan genomet digitalt utifrån de erhållna DNA-sekvenserna. Därefter jämförs genomet med referensgenom av kända mikroorganismers DNA för att identifiera vilken eller vilka mikroorganismer som förekommer i provet. Identifiering görs även av specifika gener associerade med till exempel antibiotikaresistens och virulens.
  4. Analys och tolkning
    Ett team av forskare arbetar tillsammans för att tolka innebörden av de mikroorganismer och gener som identifierades i provet. I detalj studeras effekten av de varianter, det vill säga avvikelser från referensgenom, som förkommer. Teamet använder olika program och resurser beroende på den specifika frågeställningen som ska besvaras, så som genetiska databaser, egen forskning och litteratur.
  5. Resultat
    En rapport som beskriver fynden av DNA-sekvenseringen produceras. Vid behov genomförs även en muntlig resultatpresentation för att underlätta beslutsfattande.

Leveranser

Resultaten sammanfattas i en rapport och presenteras muntligt för kunden.

Beställning

Beställ genom att ringa eller skicka e-post till kontaktpersonen

Fakta

Tjänst

DNA-sekvensering av mikroorganismer och mikroflora

Område

Bioekonomi, Coronapandemin, Infektionskontroll, Jordbruk, Kemisk och biologisk analys, Life Science, Livsmedel, Massa och papper, Produktsäkerhet, Risk och säkerhet, Vatten

Pris

Pris vid offertförfrågan

Förberedelser

Inga förberedelser krävs

Bidrar till FN:s hållbarhetsmål

2.Ingen hunger
3.Hälsa och välbefinnande
6.Rent vatten och sanitet
9.Hållbar industri, innovationer och infrastruktur
12.Hållbar konsumtion och produktion
Erik Nygren

Kontaktperson

Erik Nygren

Senior forskare

Läs mer om Erik

Kontakta Erik
CAPTCHA This question is for testing whether or not you are a human visitor and to prevent automated spam submissions.

* Obligatoriskt Genom att skicka in formuläret behandlar RISE dina personuppgifter.

Karin Bjerre

Kontaktperson

Karin Bjerre

Forskare

Läs mer om Karin

Kontakta Karin
CAPTCHA This question is for testing whether or not you are a human visitor and to prevent automated spam submissions.

* Obligatoriskt Genom att skicka in formuläret behandlar RISE dina personuppgifter.