Hoppa till huvudinnehåll
RISE logo

DNA-sekvensering av mikroorganismer och mikroflora

Med hjälp av DNA-sekvensering och bioinformatik går det att med hög precision identifiera och karakterisera mikroorganismer och mikroflora i produkter, processer och i miljön. Vi hjälper till med alla steg i ditt sekvenseringsprojekt från design av experiment till att översätta komplexa sekvenseringsdata till beslutsunderlag.

Syfte

Sekvenseringstekniken används till exempel för att identifiera källan till en mikrobiologisk kontamination i en produktionsanläggning, eller till att karakterisera förekomsten av resistensgener hos en isolerad bakterie. Utöver analys av sjukdomsframkallande och produktförstörande mikroorganismer arbetar vi även med önskvärda mikroorganismer i produkter och industriella processer. Vi kan till exempel följa den mikrobiologiska florans utveckling och kvalitetspåverkan under en fermentationsprocess samt under lagring av produkten.

Vi på RISE utför sekvenseringsuppdrag för projekt med virus, bakterier, jäst och mögel, samt för att bestämma antimikrobiell resistens. Vi har spetskompetens rörande provtagning och extraktion av DNA från mikroorganismer i komplexa prover, samt stor förståelse för våra kunders behov och möjligheter. Vår praktiska och teoretiska kunskap har byggts upp genom egen forskning och nära samarbete med industrin i tillämpade forsknings- och uppdragsprojekt.

Vi kan hjälpa till med hela eller delar av ditt sekvenseringsprojekt, inklusive detta:

  • Provtagningsplan och val av sekvenseringsteknik för att optimera förutsättningarna att kunna lösa kundens frågeställning.
  • Provtagning av mikroorganismer i komplexa miljöer och produkter.
  • Provberedning och extraktion av DNA i laboratorier klassade enligt Bio Safety Level 2 (BSL2).
  • Helgenomsekvensering av bakterieisolat för identifiering, smittspårning eller karakterisering av resistensgener mot antibiotika, virulensmarkörer etc.
  • Amplikonsekvensering av 16S rDNA och/eller ”internal transcribed spacer” (ITS) för karakterisering av mikroflorans sammansättning. Valet av amplikon anpassas till projektens målsättning.
  • Metagenomik för karakterisering av okända mikroorganismer och mikroflorans sammansättning.
  • Bioinformatisk analys och jämförande genomik för produktutveckling, kvalitetskontroll, benchmarking, smittspårning etc.
  • Jämförande av liknande stammar, variansanalys inklusive SNP-analys, MLST och cgMLST etc.
  • Tolkning av data och rådgivning runt beslutsfattande baserat på framtagna sekvensdata

Metod

Vi använder moderna sekvenseringsteknologier som bygger på en teknologi som kallas next-generation sequencing (NGS) eller massiv parallell sekvensering (MPS). Efter uppdragsgivarnas behov applicerar, utvecklar och anpassar vi mikrobiologiska metoder från provtagning och extraktion av DNA via sekvensering och databehandling till meningsfulla resultat.

Projektöversikt DNA-sekvensering

  1. Prov från produkt/process/miljö
    Ett representativt prov tas från det som ska undersökas. Vi hanterar rutinmässigt prov från bland annat livsmedel, processer, vatten, miljö, rena kulturer. Befintligt mikrobiellt DNA extraheras, renas och koncentreras.
  2. Sekvensering
    Extraherat DNA fragmenteras, prepareras och placeras i ett sekvenseringsinstrument som läser av DNA-sekvensen, dvs. sekvenseras. Genom att DNA-fragmenten avläses många gånger kan till slut hela genomet kartläggas.
  3. Bioinformatik
    Med hjälp av kraftfulla datorer och bioinformatiska program kontrolleras och filtreras därefter den omfattande mängden data som genereras vid sekvenseringen. Vanligen återskapas sedan genomet digitalt utifrån de erhållna DNA-sekvenserna. Därefter jämförs genomet med referensgenom av kända mikroorganismers DNA för att identifiera vilken eller vilka mikroorganismer som förekommer i provet. Identifiering görs även av specifika gener associerade med till exempel antibiotikaresistens och virulens.
  4. Analys och tolkning
    Ett team av forskare arbetar tillsammans för att tolka innebörden av de mikroorganismer och gener som identifierades i provet. I detalj studeras effekten av de varianter, det vill säga avvikelser från referensgenom, som förkommer. Teamet använder olika program och resurser beroende på den specifika frågeställningen som ska besvaras, så som genetiska databaser, egen forskning och litteratur.
  5. Resultat
    En rapport som beskriver fynden av DNA-sekvenseringen produceras. Vid behov genomförs även en muntlig resultatpresentation för att underlätta beslutsfattande.

    Leveranser

    Resultaten sammanfattas i en rapport och presenteras muntligt för kunden.

    Beställning

    Beställ genom att ringa eller skicka e-post till kontaktpersonen

    Fakta

    Tjänst

    DNA-sekvensering av mikroorganismer och mikroflora

    Område

    Bioekonomi, Coronapandemin, Infektionskontroll, Jordbruk, Kemisk och biologisk analys, Life Science, Livsmedel, Massa och papper, Produktsäkerhet, Risk och säkerhet, Vatten

    Pris

    Pris vid offertförfrågan

    Förberedelser

    Inga förberedelser krävs

    Bidrar till FN:s hållbarhetsmål

    2.Ingen hunger
    3.Hälsa och välbefinnande
    6.Rent vatten och sanitet
    9.Hållbar industri, innovationer och infrastruktur
    12.Hållbar konsumtion och produktion
    Karin Bjerre

    Kontaktperson

    Karin Bjerre

    Forskare

    +46 10 516 66 24

    Läs mer om Karin

    Kontakta Karin
    CAPTCHA Den här frågan är till för att testa om du är en mänsklig besökare eller inte för att undvika automatiska skräppostmeddelanden.

    * Obligatoriskt Genom att skicka in formuläret behandlar RISE dina personuppgifter.

    Kontaktperson

    Lucia Gonzales Strömberg

    Forskare

    +46 10 516 66 16

    Läs mer om Lucia

    Kontakta Lucia
    CAPTCHA Den här frågan är till för att testa om du är en mänsklig besökare eller inte för att undvika automatiska skräppostmeddelanden.

    * Obligatoriskt Genom att skicka in formuläret behandlar RISE dina personuppgifter.

    Kontakt

    Hittar du inte det du söker eller är du nyfiken på hur vi kan hjälpa dig?

    Skicka meddelande
    CAPTCHA Den här frågan är till för att testa om du är en mänsklig besökare eller inte för att undvika automatiska skräppostmeddelanden.

    * Obligatoriskt Genom att skicka in formuläret behandlar RISE dina personuppgifter.