Projektfinansieringen rör verksamhet som ofta finansieras gemensamt av näringslivet och med offentliga medel. De offentliga medlen kan kanaliseras via statliga verk och andra myndigheter, i första hand Vinnova , men också via till exempel EU:s forskningsprogram. Projektverksamheten är den dominerande verksamheten i instituten.
Uppdragsverksamhet finansieras till 100 procent av uppdragsgivaren (i regel ett företag) och utförs med full sekretess.
Strategiska kompetensmedel, SK-medel, är de pengar som RISE fördelar till instituten för långsiktig kunskaps- och kompetensuppbyggnad, storleksmässigt baserat på omsättning.
Medelstilldelningen har ökat som ett resultat av statens önskan att långsiktigt stärka institutssektorn. Under perioden 2003-2005 uppgick medlen under perioden totalt till 350 miljoner kronor varav 300 miljoner kom från staten och 50 miljoner från KK-stiftelsen.
För perioden 2006—2008 höjdes nivån med 45 respektive 65 miljoner kronor för år två och tre. Totalt utbetalades 455 miljoner från staten (100+145+210 MSEK) under treårsperioden. För 2006 tillkom även 20 miljoner från KK-stiftelsen.
För 2009 är anslaget 355 miljoner kronor, för 2010 och 2011 är anslaget 468 miljoner kronor per år och för 2012 cirka 474 miljoner enligt prognos. De institutsgrupper som ingår i RISE och därmed kan ta del av de ökade resurserna är Innventia, SP Sveriges Tekniska Forskningsinstitut, Swedish ICT och Swerea.